Sejak jalur ganda tersebut dioperasikan, wujud stasiun ini sudah berubah dibanding sebelumnya. Atap overcapping yang memayungi jalur 1–3 stasiun ini telah diganti dengan atap yang baru yang berukuran lebih besar, serta menaungi jalur 1–6.
Peron pada stasiun Kroya juga telah diperpanjang dan ditinggikan, sehingga dapat memuat rangkaian kereta api yang panjang dan semakin memudahkan penumpang naik dan turun di peron stasiun.
Sedangkan untuk sistem persinyalan elektrik lama khas dari Daop V yang diproduksi oleh Westinghouse Rail Systems dan telah dipasang sejak 1999 juga sudah digantikan dengan yang sistem persinyalan terbaru produksi PT Len Industri. Sistem persinyalan overcapping tersebut kini telah dipindahkan ke Stasiun Sumpiuh.
Sama seperti stasiun lainnya yang berada di Daop V Purwokerto, Stasiun Kroya juga memperdengarkan lonceng atau lagu keroncong berjudul "Di Tepinya Sungai Serayu" karya Soetedja Poerwodibroto. Di mana lagu tersebut diperdengarkan setiap kali ada kereta api yang singgah untuk melayani penumpang maupun persilangan dan penyusulan antarkereta api.
Sebagai salah satu stasiun besar, hampir semua perjalanan kereta api penumpang tujuan Jakarta, Bandung, dan Cilacap maupun sebaliknya berhenti di stasiun ini. Namun demikian ada pula Kereta api yang melintas langsung (tidak berhenti) di stasiun ini, seperti KA Argo Lawu, KA Argo Dwipangga.
Selain itu, stasiun ini juga digunakan untuk putar arah lokomotif bagi kereta api angkutan barang selain Parcel ONS (bongkar muat barang) serta kereta angkutan semen Solusi Bangun Indonesia Cirebon-Karangtalun dan KA BBM Tegal-Maos yang datang dari arah Cilacap atau lintas selatan menuju Cirebon atau lintas utara, begitu pula sebaliknya.
Editor : Arbi Anugrah
Artikel Terkait
