Setelah bebas, dia aktif berpolitik. Mujica terpilih sebagai wakil dan senator terpilih pada 1999. Berkat karisma Mujica, partai politiknya The Movement of Popular Participation (MPP) terus mendapatkan popularitas dan mulai memperoleh lebih banyak suara dari rakyat. Pada 2004, partai tersebut telah menjadi partai terbesar dalam koalisi Broad Front.
Dalam pemilihan umum 2004, Mujica terpilih kembali menjadi senat dan partainya MPP memperoleh sekitar 300.000 suara, meningkatkan pengaruh politiknya di negara itu dan mengarah pada kemenangan kandidatnya Tabare Vazquez dalam pemilihan presiden. Pada pemilu 2009, Mujica terpilih sebagai presiden ke-40 Uruguay.
Sebagai presiden, Mujica memilih hidup sederhana. Dia menolak rumah mewah yang disediakan negara untuk para pemimpin Uruguay dan memilih tinggal di rumah pertanian istrinya, Lucia Topolansky dengan anjing mereka yang berkaki tiga di pinggiran Montevideo.
Dia bersama sang istri menggarap lahan sendiri dan menanam bunga. Bahkan dia menyumbangkan sebesar 90 persen gaji bulanannya setara 12.000 dolar AS pada saat itu untuk amal. Selain itu, alih-alih menggunakan mobil mahal, dia membeli Volkswagen Beetle seharga 1.800 dolar AS. Hal ini yang membuatnya dicap sebagai presiden termiskin di dunia.
"Saya disebut 'presiden termiskin', tapi saya tidak merasa miskin. Orang miskin adalah mereka yang bekerja hanya untuk mempertahankan gaya hidup yang mahal, dan selalu menginginkan lebih dan lebih," katanya, dikutip BBC.
Menurut Wyre Davies, seorang koresponden BBC, pada akhir masa jabatannya sebagai presiden, "Mujica memiliki ekonomi yang relatif sehat dan stabilitas sosial yang hanya bisa diimpikan oleh tetangga yang lebih besar."
Editor : Arbi Anugrah