Stasiun Kroya awalnya hanya terdiri atas sebuah bangunan utama dan peron yang memiliki kanopi hampir mirip dengan Stasiun Manggarai. Namun dengan meningkatnya volume angkutan penumpang di stasiun ini, bangunan stasiun ini kemudian diperbesar hingga akhirnya mengganti atap stasiun dengan atap overcapping yang memayungi jalur 1–3 pada dekade tahun 1990-an.
Stasiun Kroya sendiri memiliki sembilan jalur kereta api. Awalnya jalur 2 merupakan sepur lurus arah Bandung atau Cilacap maupun arah Kutoarjo, kemudian jalur 3 merupakan sepur lurus dari dan ke arah Purwokerto, sedangkan jalur 1, 4, dan 5 digunakan sebagai jalur untuk persilangan dan penyusulan kereta api, sementara jalur 6 dan 7 sebagai jalur untuk parkir KA barang dan KA ketel, serta jalur 8 dan 9 sebagai jalur yang menghubungkan ke Depo Lokomotif, bengkel KA, dan UPT Depo Mekanik.
Saat ini lintas jalur pada stasiun ini menuju ke arah Cirebon dan Kutoarjo sudah berupa jalur ganda. Dengan adanya jalur ganda tersebut, rute Jakarta-Kroya melalui Purwokerto-Cirebon maupun sebaliknya sudah dapat ditempuh dalam waktu 5,5–6 jam saja. Jalur ganda tersebut secara bertahap akan disambungkan hingga ke Surabaya via Kertosono-Mojokerto.
Selain menjadi jalur kereta api yang memiliki tingkat lalu lintas KA terpadat, stasiun Kroya yang memiliki depo lokomotif di sebelah utara kompleks stasiun. Selain melayani perawatan lokomotif, depo stasiun Kroya ini juga sempat digunakan untuk menyimpan lokomotif dan rangkaian KA Serayu.
Namun, sejak rute perjalanan KA Serayu diperpanjang hingga Stasiun Purwokerto, secara otomatis rangkaian kereta tersebut dipindahkan lokasinya ke Depo Kereta Purwokerto.
Bukan hanya memikirkan depo lokomotif, stasiun Kroya juga memiliki bengkel kereta api yang terletak di sebelah barat kompleks stasiun dan merupakan bengkel kereta api terbesar di Daop V Purwokerto. Fungsinya mirip dengan balai yasa, yakni sebagai tempat perbaikan kereta api. Selain sebagai tempat perbaikan, bengkel ini dijadikan sebagai "kandang" untuk sarana kereta penolong milik Daop V.
Editor : Arbi Anugrah